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中心除了在管理、运行机制和人员构成等方面具有其独特的、有别于国内其他研究群体的特色之外,中心在研究方面还具有注重学术上的国际先进性和保持国际学术地位,更重视解决我国农业和农村发展中的热点和难点问题等的特色。其研究特色主要体现在以下几个方面。

群体性和协作性。 农业政策研究中心已由早期的几个人发展到目前50多人的研究群体,中心的研究工作由四个研究部门组成。虽然各研究部有其相对独立的研究目标和重点研究方向、有相对集中的人力和财力资源,但各研究部门间的研究课题和研究人员经常交叉、协作,组成了一个密不可分的研究群体。其中农业发展政策分析和决策支持系统研究是一个跨部门、跨领域的研究项目,各研究部为决策支持系统研究提供重要的参数和数据;同时,农业发展政策分析和决策支持系统的研究成果又可以为相对独立的各领域研究提供背景和支持。中心认为只有相关的核心研究领域同时并进和协调发展,才能最大限度地优化利用人力资源和资金,才能在各个研究领域实现分别创新的同时,实现全研究领域(整个中心的研究和学科的发展)的更大创新,以最有效的方式达到中心的研究目的(宗旨)和使命。

重视数据、实证研究、农户和社区调查。 中心研究项目最具特色的一点就是让所有的科研人员深入到农村第一线做调研。在农村调研活动中,通过与广大的基层干部和群众进行深入的交流,来了解新近发生的变化和情况,观察农业和农村发展的新趋势和新问题。通过农村调研,还能够寻找和设计出最有效和科学的获取信息的方法和手段,从而保证了政策研究所需信息的可靠性。为保证收集数据资料的质量,中心所有的研究几乎是利用我们自己收集的一手资料。中心自己设计调查提纲、自己下去预调查,培训自己的调查员(主要是中心自己的研究生和兄弟院校和科研机构的研究生)。因为中心拥有既丰富又详尽的数据资料,以至于使我们能对错综复杂的农业和农村问题展开深入研究,做出合理的解释。中心也由此享有基于实证研究而产生高水平成果的好声誉。

重视人力资源建设和学术交流。中心的核心研究队伍(高级研究人员)由初始的3人扩展到目前的12人,大多数是从海外回国工作的,其中有三位是国家自然基金委杰出青年基金获得者,多位研究员是中科院的百人计划和首批国家级新世纪百千万人才工程入选者。他们除了从事高质量的科研工作外,还投入大量的时间培养年轻科研人员。中心每年根据需要招收一定数量的硕士、博士研究生以及博士后研究人员,并举办各种专题或短期培训班,邀请国际著名学者来中心讲学,开设经济理论、政策分析及应用经济方面的课程和专题讲座。同时还以培养学生、接受访问学者、外出讲学、建立政策研究网络等方式为贫困地区和西部地区的科研和教学机构培养人才。中心以不同的形式和方法将知识传播出去,中心已成为教育和指导一些年轻的应用经济学家重要培养基地。中心也是一个实践训练的地方,欢迎那些受过研究生教育但需要在理解重要政策问题上得到帮助或是需要对中国经济发展机制增加了解的学者到中心工作,以使他们的研究更有效率,他们的研究成果更与政策相关。
     保持与政府部门和同行科研机构的密切合作。中心的所有活动都必须为国家的经济发展服务。对国家和农民关心的热点、难点问题及时加以研究,为政府决策部门提供科学的决策参考。由于中心的所有研究均是建立在以理论和实证分析的基础上,因而,中心成立以来的绝大多数研究成果、理论创新和政策建议均在国内外产生了较大影响,许多成果已被学术界和政府部门采用。中心也注重与兄弟科研单位和合作和交流,以求在政策研究方面共同提高。